1: menos humedad del suelo en la colina, 2: aumento de la humedad del suelo en el valle hueco
Los suelos de diferentes microclimas varían según la exposición de la pendiente, el aspecto y la cobertura de sombra. En general, las laderas sombreadas que no vengan al sol serán más húmedas y ácidas. El diagrama anterior muestra la tendencia en los valles huecos a la acumulación excesiva de agua y la tendencia de estas áreas a tener suelos más ácidos.
Los niveles de carbono orgánico y la actividad microbiana influyen directamente en el pH del suelo y en el contenido de agua. Los microbios descomponen la materia orgánica del suelo y la hojarasca. En suelos secos, los microbios no están activos. La actividad microbiana aumenta a medida que aumenta la temperatura, cuando hay mucho carbono orgánico disponible como fuente de alimento y cuando el pH del suelo está más cerca de neutral (pH 7).
La actividad microbiana es importante porque los microbios liberan nitrógeno y otros nutrientes para que las plantas los absorban. La disponibilidad de nutrientes depende de su solubilidad . En un ambiente ácido, la solubilidad de nutrientes esenciales como los fosfatos de hierro, manganeso y aluminio se reduce (Pavan y Chaves, 1996 y Edison Martins Paulo I ; Enes Furlani Jr. 2010 ).
Un estudio realizado en Brasil por Krystal de Alcantara Notaro et al, (2014) encontró que el pH del suelo del bosque natural era más ácido que los sistemas de plantación y agroforestería utilizados para el cultivo de café. Lo más probable es que esto se deba a la ausencia de materiales de corrección de pH, como yeso, en el bosque. Las plantas de café prefieren un suelo ácido entre 5 y 6 pH ( FAO ). Cuando el pH cae por debajo de 5, los nutrientes clave como el nitrógeno se vuelven menos disponibles para la planta.
Suelos aeróbicos vs anaeróbicos
La razón por la que las plantas como el café requieren un suelo con buena drenaje, sin encharcamientos, es que el suelo necesita respirar. Tal suelo se describe como aeróbico. 'Las condiciones anaeróbicas desfavorables ocurren en subsuelos anegados que conducen a una acumulación de sulfuro de hidrógeno tóxico y hierro y manganeso reducidos.