Il maggior contributo al carbonio prodotto nel mulino a umido è il metano e altri gas serra rilasciati nelle acque reflue. In Kenya, dove la lavorazione tradizionale del lavaggio utilizza grandi quantità di acqua per fermentazione, le acque reflue non trattate hanno rappresentato il 97% delle emissioni da lavorazione (JJ Maina et al., 2015). In Costarica, Killian et al. (2013) ha rilevato che le emissioni delle acque reflue non trattate hanno contribuito per 79% alle emissioni in questa fase e per 32% alle emissioni totali della produzione di caffè. In America Centrale e Colombia, van Rikxoort et al. (2014) ha rilevato che le emissioni di fermentazione e le acque reflue costituivano 57% dell'impronta di carbonio totale del caffè pergamena. 

Riduzione delle emissioni da fermentazione rappresenta quindi un'altra strada per ridurre le emissioni complessive della produzione di caffè. I produttori possono, ad esempio, utilizzare fermentazione tecniche che riducono le emissioni e il consumo di acqua, oppure possono catturare il metano da fermentazione da usare come combustibile. I produttori possono anche utilizzare tecniche a basso costo come le zone umide costruite per trattare le acque reflue dopo fermentazione (JJ Maina et al. 2015).

Tuttavia, il modo più efficace per ridurre le emissioni in questa fase è saltare fermentazione del tutto e utilizzare invece la lavorazione a secco o il lavaggio meccanico. "Il sistema di produzione più efficiente non può compensare le elevate emissioni durante la lavorazione a umido", scrivono van Rikxoort et al. "La produzione di caffè con una bassa impronta di carbonio è praticamente impossibile se vengono utilizzati i metodi tradizionali di lavorazione a umido".

Altri input dalla lavorazione e dalla macinazione, inclusi il combustibile e l'elettricità utilizzati nel mulino a secco e le "attività amministrative", come l'impronta di carbonio dell'invio di campioni pre-nave per via aerea, danno un contributo relativamente piccolo. Nello studio in Tanzania, il mulino a secco ha rappresentato solo 0,4% dell'impronta di carbonio totale del caffè verde (PCF Pilotprojekt Deutschland, 2008).

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