Il caffè è suscettibile di una vasta gamma di agenti patogeni.
Anche l'arabica selvatica che cresce nelle foreste pluviali dell'Etiopia è suscettibile alla ruggine delle foglie di caffè, tuttavia, l'ambiente forestale ombreggiato e il clima fresco di questa regione sono meno favorevoli alla crescita della ruggine delle foglie.
La ruggine delle foglie di caffè (CLR) è causata dal fungo chiamato Hemileia vastatrix
Il CLR infetta la parte inferiore delle foglie delle piante di caffè dove produce grandi colonie color ruggine di uredosori - un bel modo per dire pustola.
La ruggine fogliare produce spore a una velocità 2000 volte superiore a temperature comprese tra 22 e 27 °C rispetto a una temperatura compresa tra 18 e 23 °C.
Esiste un legame diretto tra i bassi prezzi del caffè e le epidemie di parassiti e malattie: "Tutte le intense epidemie sperimentate negli ultimi 37 anni in America centrale e in Colombia sono state concomitanti con periodi di bassa redditività del caffè a causa del calo del prezzo del caffè" (Avelino et al. , 2016)
Non ci sono varietà di caffè in produzione che siano completamente immuni alla ruggine delle foglie di caffè.
La maggior parte dei trattamenti convenzionali e organici sono spray fogliari a base di rame che si accumulano come inquinante nel terreno durante l'uso prolungato.
Il Dr. Jacques Avelino ha dimostrato che una nutrizione ottimale delle piante attraverso la fertilizzazione controllata ha maggiori benefici nel ridurre l'infestazione di ruggine rispetto all'uso di fungicidi.
Le ciliegie infette sviluppano lesioni scure che iniziano a rilasciare spore da piccoli fiori che fuoriescono dal centro delle lesioni note come acervuli. La malattia fa cadere i frutti prima che siano maturi e, quando non vengono attuati controlli, può causare perdite di raccolto di 70-80%.
La Robusta sembra essere totalmente resistente, ma nessun genotipo di caffè Arabica ha dimostrato di essere totalmente resistente al CBD. Alcune cultivar e ibridi arabica come Ruiru 11 e Sudan Rume hanno una buona resistenza al CBD.
La malattia dell'appassimento del caffè (CWD) attacca il xilema della pianta.