La principale contribution au carbone produit par l’usine humide est le méthane et les autres gaz à effet de serre libérés dans les eaux usées. Au Kenya, où le traitement traditionnel du lavage utilise de grandes quantités d'eau pour fermentation, les eaux usées non traitées représentaient 97% des émissions dues au traitement (JJ Maina et coll., 2015). Au Costa Rica, Killian et al. (2013) a constaté que les émissions provenant des eaux usées non traitées représentaient 79% des émissions à ce stade et 32% des émissions totales de la production de café. En Amérique centrale et en Colombie, van Rikxoort et al. (2014) a constaté que les émissions de fermentation et les eaux usées représentaient 57% de l’empreinte carbone totale du café en parche.
Réduire les émissions de fermentation représente donc une autre voie pour réduire les émissions globales liées à la production de café. Les producteurs peuvent, par exemple, utiliser fermentation techniques qui réduisent les émissions et la consommation d’eau, ou ils peuvent capter le méthane des fermentation à utiliser comme combustible. Les producteurs peuvent également utiliser des techniques peu coûteuses telles que les zones humides artificielles pour traiter les eaux usées après fermentation (JJ Maina et coll., 2015).
Cependant, le moyen le plus efficace de réduire les émissions à ce stade est de sauter fermentation complètement et utilisez plutôt un traitement à sec ou un lavage mécanique. «Le système de production le plus efficace ne peut pas compenser les émissions élevées lors du traitement par voie humide», écrivent van Rikxoort et al. "La production de café avec une faible empreinte carbone est pratiquement impossible si des méthodes traditionnelles de traitement par voie humide sont utilisées."
Les autres intrants issus de la transformation et du broyage, notamment le carburant et l'électricité utilisés dans le broyeur à sec et les « activités administratives » telles que l'empreinte carbone liée à l'envoi d'échantillons avant expédition par voie aérienne, apportent une contribution relativement faible. Dans l'étude réalisée en Tanzanie, le moulin à sec ne représentait que 0,41 TP5T de l'empreinte carbone totale du café vert (Projet pilote PCF Allemagne, 2008).