O café é suscetível a uma grande variedade de patógenos.
Mesmo o arábica selvagem que cresce nas florestas nubladas da Etiópia é suscetível à ferrugem do café; no entanto, o ambiente florestal sombreado e o clima fresco desta região são menos favoráveis ao crescimento da ferrugem do café.
A ferrugem do café (CLR) é causada pelo fungo chamado Hemileia vastatrix
O CLR infecta a parte inferior das folhas dos cafeeiros, onde produz grandes colônias de uredosori cor de ferrugem - uma bela maneira de dizer pústula.
A ferrugem da folha produz esporos a uma taxa 2.000 vezes maior em temperaturas entre 22-27°C, em comparação com uma faixa de temperatura de 18-23°C.
Existe uma ligação direta entre os baixos preços do café e os surtos de pragas e doenças: “Todas as intensas epidemias vividas durante os últimos 37 anos na América Central e na Colômbia foram concomitantes com períodos de baixa rentabilidade do café devido à queda dos preços do café” (Avelino et al. , 2016)
Não existem variedades de café em produção que sejam completamente imunes à ferrugem do café.
A maioria dos tratamentos convencionais e orgânicos são pulverizações foliares à base de cobre que se acumulam como poluentes no solo durante o uso prolongado.
O Dr. Jacques Avelino demonstrou que a nutrição ideal das plantas através da fertilização controlada tem mais benefícios na redução da infestação de ferrugem do que o uso de fungicidas.
As cerejas infectadas desenvolvem lesões escuras que começam a liberar esporos de pequenas flores que saem do centro das lesões, conhecidas como acérvulos. A doença faz com que os frutos caiam antes de estarem maduros e quando não são implementados controlos, pode resultar em perdas de colheita de 70-80%.
O Robusta parece ser totalmente resistente, mas nenhum genótipo de café arábica demonstrou ser totalmente resistente ao CBD. Certas cultivares e híbridos de arábica, como Ruiru 11 e Sudan Rume, apresentam boa resistência ao CBD.
A doença da murcha do café (CWD) ataca o xilema da planta.