Típica, Borbón, y las variedades tradicionales que descienden de ellos son altamente susceptibles al hongo de la roya del café, Hemileia vastatrix. Conscientes del potencial devastador de esta enfermedad, los investigadores de Cenicafé comenzaron a estudiar variedades resistentes a la roya en 1960, una década antes de que los caficultores detectaran el hongo por primera vez en las Américas (Cortina et al 2013).
La roya del café puede infectar variedades resistentes, pero causa una enfermedad menos grave.
Una vez que la roya de la hoja llegó a Brasil en 1970, el programa de mejoramiento de Cenicafé comenzó en serio, compitiendo para producir un híbrido resistente a la roya antes de que la enfermedad llegara a Colombia. El resultado, creado en 1980 y distribuido en los años siguientes, fue el Colombia variedad, un cruce entre Caturra y el Timor Híbrido.
La roya se detectó por primera vez en Colombia unos años después, en 1983. Para 1989, la enfermedad afectaba a más de 700.000 hectáreas en el país (Gordillo 2005) — más del 70% del área plantada en ese momento (FAOSTAT 2022).
A menos que los agricultores apliquen fungicidas a las variedades susceptibles, la roya de la hoja puede reducir su producción de café hasta en 23%. Los fungicidas pueden reducir el impacto de la enfermedad, pero aumentan significativamente el costo de producción. Además, las altas precipitaciones en Colombia reducen su eficacia, y la aplicación de fungicidas a las plantas en terrenos con pendientes pronunciadas puede ser un desafío (Cortina et al 2013). La FNC adoptó una política de promoción de híbridos resistentes a la roya como Colombia y Castillo, y estas variedades ahora constituyen la gran mayoría del café plantado en Colombia.
Al desarrollar el Colombia variedad, Cenicafé optó por seguir una estrategia de multilínea resistencia. Esto significa que Colombia no es una sola variedad estable, sino una colección de líneas relacionadas del mismo programa de mejoramiento. La diversidad genética de una variedad multilínea hace que sea más duradera resistencia, pero también significa que los árboles de la misma variedad tendrán características ligeramente variables (Flórez Ramos et al 2017).