Typica, Bourbon, et les variétés traditionnelles qui en descendent sont très sensibles au champignon de la rouille des feuilles du caféier, Hemileiavastatrix. Conscients du potentiel dévastateur de cette maladie, les chercheurs du Cenicafé ont commencé à étudier les variétés résistantes à la rouille en 1960, une décennie avant que les producteurs de café ne découvrent le champignon pour la première fois dans les Amériques (Cortina et al. 2013).
La rouille des feuilles du caféier peut infecter les variétés résistantes, mais elle provoque une maladie moins grave.
Lorsque la rouille des feuilles est arrivée au Brésil en 1970, le programme de sélection de Cenicafé a véritablement démarré, se précipitant pour produire un hybride résistant à la rouille avant que la maladie n'atteigne la Colombie. Le résultat, créé en 1980 et diffusé dans les années suivantes, fut le Colombie variété, un croisement entre Caturra et le Timor hybride.
La rouille a été détectée pour la première fois en Colombie quelques années plus tard, en 1983. En 1989, la maladie touchait plus de 700 000 hectares dans le pays (Gordillo2005) — plus de 70% de la superficie plantée à l'époque (FAOSTAT 2022).
À moins que les agriculteurs n'appliquent des fongicides aux variétés sensibles, la rouille des feuilles peut réduire leur production de café jusqu'à 23%. Les fongicides peuvent réduire l’impact de la maladie, mais ils augmentent considérablement le coût de production. De plus, les fortes précipitations en Colombie réduisent leur efficacité, et l'application de fongicides sur les plantes situées sur un terrain en forte pente peut s'avérer difficile (Cortina et al. 2013). La FNC a adopté une politique de promotion des hybrides résistants à la rouille tels que Colombie et Château, et ces variétés constituent désormais la grande majorité du café planté en Colombie.
Lors du développement du Colombie variété, Cenicafé a choisi de poursuivre une stratégie de multiligne résistance. Cela signifie que Colombie n'est pas une seule variété stable, mais un ensemble de lignées apparentées issues du même programme de sélection. La diversité génétique d'une variété multi-lignées rend la plante plus durable résistance, mais cela signifie aussi que les arbres d'une même variété auront des caractéristiques légèrement variables (Flórez Ramos et al. 2017).