Come per gran parte del Sud e Centro America, la stragrande maggioranza del caffè coltivato in Guatemala è costituita da varietà "tradizionali": Bourbon e Tipico e varie varietà da essi derivate, come Caturra, mondo nuovo, Catuaí, Pache, Villa Sarchi, Pacas, e Maragogipe.
Questa dipendenza da due varietà "genitrici" significa che la diversità genetica è molto bassa, il che mette a rischio le colture degli agricoltori guatemaltechi di parassiti e malattie, in particolare la ruggine delle foglie (Hemileia vastatrix). Il Guatemala è stato particolarmente colpito dalla ruggine delle foglie nel 2012, quando sono andati persi fino a 20% di produzione (USDA 2019). Negli ultimi decenni, varietà moderne con qualità migliorate come la ruggine resistenza e rese più elevate sono state sperimentate in Guatemala con risultati promettenti, e queste varietà ora costituiscono quasi 30% della produzione totale.
Tuttavia, la maggior parte degli agricoltori ha un accesso limitato al sostegno del governo e alle informazioni sulle nuove varietà e molti non possono permettersi gli investimenti finanziari necessari per piantarle. Le piantine moderne resistenti alla ruggine costano US$8.000 per ettaro (US$3,237 per acro) per piantare, rispetto a US$5.000 per ettaro (US$2,023 per acro) per le varietà tradizionali. I nuovi alberi non iniziano a produrre un raccolto fino ad almeno 2 anni dopo la semina. Inoltre, si ritiene generalmente che gli ibridi resistenti producano una qualità inferiore della tazza e alcuni che sono stati piantati ad altitudini inferiori in Guatemala non mostrano la malattia prevista resistenza (USDA 2019).
I costi e i rischi implicati fanno sì che molti agricoltori continuino a fare affidamento su alberi più vecchi e meno produttivi piuttosto che piantare nuove varietà. Un progetto in Guatemala ha scoperto che le aziende agricole in aree con una lunga storia di produzione di caffè avevano piante di caffè di età compresa tra 40 e 60 anni (Technoserve 2017), anche se le piante di caffè sono generalmente più produttive quando hanno meno di 20 anni (Associazione Nazionale Caffè 2020).
Varietà di caffè coltivate in Guatemala nel 2018,