Comme c'est le cas dans une grande partie de l'Amérique du Sud et de l'Amérique centrale, la grande majorité du café cultivé au Guatemala est composée de variétés « traditionnelles » : Bourbon et Typique et diverses variétés qui en dérivent, telles que Caturra, Monde Novo, Catuaí, Paché, Villa Sarchi, Pacas, et Maragogipé.
Cette dépendance à l'égard de deux variétés « parentales » signifie que la diversité génétique est très faible, ce qui expose les cultures des agriculteurs guatémaltèques aux risques de ravageurs et de maladies, en particulier la rouille des feuilles (Hemileia Vastatrix). Le Guatemala a été particulièrement touché par la rouille des feuilles en 2012, lorsque près de 20% de production ont été perdues (USDA 2019). Au cours des dernières décennies, des variétés modernes aux qualités améliorées telles que la rouille résistance et des rendements plus élevés ont été testés au Guatemala avec des résultats prometteurs, et ces variétés représentent désormais près de 30% de la production totale.
Cependant, la plupart des agriculteurs ont un accès limité au soutien gouvernemental et aux informations sur les nouvelles variétés, et nombre d'entre eux ne peuvent pas se permettre l'investissement financier nécessaire pour les planter. Les semis modernes résistants à la rouille coûtent 8 000 US$ par hectare (US$3237 par acre) à planter, contre $6T5000 par hectare (US$2023 par acre) pour les variétés traditionnelles. Les nouveaux arbres ne commencent à produire une récolte qu’au moins 2 ans après la plantation. De plus, on pense généralement que les hybrides résistants produisent des coupes de moindre qualité, et certains qui ont été plantés à des altitudes plus basses au Guatemala ne présentent pas la maladie attendue. résistance (USDA 2019).
Les coûts et les risques impliqués signifient que de nombreux agriculteurs continuent de s’appuyer sur des arbres plus vieux et moins productifs plutôt que de planter de nouvelles variétés. Un projet mené au Guatemala a révélé que les exploitations situées dans des zones ayant une longue histoire de production de café possédaient des caféiers âgés de 40 à 60 ans (Technoserve 2017), même si les caféiers sont généralement plus productifs lorsqu'ils ont moins de 20 ans (Association nationale du café 2020).
Variétés de café cultivées au Guatemala en 2018,