Os cafés especiais geralmente são armazenados em pergaminho até que um comprador seja encontrado e os contratos sejam assinados. Durante esse tempo, é necessário armazená-lo com segurança em um ambiente onde não seque nem absorva umidade extra. Selmar e outros, (2008) sugerem que o pergaminho de café deve ser armazenado em ambiente com humidade relativa de 63% e uma temperatura de 22° C (72° F), independentemente do tipo de processo pelo qual os grãos foram submetidos. Se o café for armazenado por muito tempo, os embriões dos grãos de café morrerão, geralmente após 6 meses (Schwan et al., 2012). Após a morte do embrião, enzimas como polifenol oxidase (PPO) e lacase pode permanecer viável se os grãos apresentarem umidade acima de 20%; essas condições inadequadas de armazenamento permitiriam a reidratação dos grãos. A ação dos PPOs e da lacase causaria a oxidação dos compostos fenólicos, o que diminuiria a qualidade (Selmar et al., 2008).