Quando são assinados contratos para a venda de um determinado lote de café em preparação para embarque, dá-se início à fase final do processamento. O pergaminho será retirado de um local de armazenamento temporário, como uma bodega, e transferido para o moinho a seco. O processo de moagem é a parte mais facilmente automatizada do processamento do café, e mesmo os moinhos básicos costumam ter brocas e correias transportadoras para mover o pergaminho e os grãos de café através dos vários estágios. Antes que as cerejas estejam prontas para sair do moinho, serão realizadas cinco operações:
- Destonagem
- Descascar
- Repassando
- Classificação de tamanho
- Separação de densidade
Os melhores sistemas de descascamento para cafés especiais são conhecidos como 'descascadores de batedor cruzado'. Ao contrário de muitos projetos mais antigos que criavam muito atrito entre os grãos, os descascadores cruzados não geram calor excessivo durante todo o processo. Eles também não lustram o feijão. O polimento refere-se à remoção da casca prateada da superfície do feijão verde. Isto pode ser desejável para torra de commodities em grande escala, onde o frescor não é uma preocupação principal, mas para cafés especiais a casca prateada é retida nos grãos para adicionar proteção antes do processo de torra. Com lotes não polidos, a casca prateada acabará se libertando dos grãos durante a torrefação e será sugada para fora do tambor de torrefação e capturada no ciclone de uma máquina de torrefação.