Uno degli aspetti più impegnativi della preparazione del sifone è la manipolazione delle parti in vetro, soprattutto quando sono calde. I sifoni sono difficili da pulire e possono rendere i flussi di lavoro commerciali molto lenti e costosi se si verificano rotture. Nel test Siphon Baseline, richiediamo ai baristi di maneggiare l'attrezzatura con cura e sicurezza. Quando si rimuove la camera superiore del sifone per travasare il caffè erogato, occorre prestare attenzione per evitare fuoriuscite e rotture. Si consiglia l'utilizzo di un contenitore o supporto a tenuta stagna su cui appoggiare il top del sifone al termine dell'infusione.