Il caffè speciale viene solitamente conservato come pergamena fino a quando non viene trovato un acquirente e non vengono firmati i contratti. Durante quel periodo, è necessario conservarlo in modo sicuro in un ambiente in cui non si asciughi né assorba l'umidità in eccesso. Selmar et al., (2008) suggeriscono che la pergamena di caffè deve essere conservata in un ambiente con a umidità relativa di 63% e una temperatura di 22° C (72° F), indipendentemente dal tipo di lavorazione che hanno subito i chicchi. Se il caffè viene conservato troppo a lungo, gli embrioni del chicco di caffè moriranno, di solito dopo 6 mesi (Schwan et al., 2012). Dopo la morte dell'embrione, enzimi come polifenolo ossidasi (PPO) e laccase può rimanere vitale se i fagioli hanno un'umidità superiore a 20%; queste condizioni di conservazione inadeguate permetterebbero ai chicchi di reidratarsi. L'azione di PPO e laccasi causerebbe quindi l'ossidazione dei composti fenolici che ne ridurrebbe la qualità (Selmar et al., 2008).