Comme pour la plupart des fruits, les cerises de café deviennent plus molles à mesure qu'elles mûrissent en raison de la dégradation des polysaccharides structurels, notamment la protopectine et la cellulose. Le ramollissement des tissus est attribué à la dégradation enzymatique et à la solubilisation de la protopectine ( Prasanna, V. et al, 2007 ). Au fur et à mesure que la maturation des cerises se poursuit, la protopectine présente dans les couches interne et externe du mésocarpe est décomposée en pectine. La pectine (discutée ci-dessous) est, à son tour, convertie en acide pectique lorsque les fruits deviennent trop mûrs et/ou fermentés. Quiconque a fait de la confiture sait que seuls les fruits mûrs produisent une confiture qui gélifie bien. En effet, la protopectine (dans les fruits sous-mûris) et l'acide pectique (dans les fruits trop mûrs) sont insolubles dans l'eau ; seule la pectine pure présente dans les fruits mûrs est suffisamment soluble pour produire l'effet gélifiant souhaité pour la confiture. Le processus de fermentation utilisé dans le traitement par voie humide (voir chapitre 2) permet de contrôler soigneusement la dégradation de la pectine, à l'aide d'enzymes (pectinases et pectase) présentes naturellement dans les cerises de café.
Si vous pressez une cerise de café mûre entre vos doigts, l' exocarpe (peau) et la couche externe du mésocarpe glissent assez facilement de la couche interne. La couche interne, communément appelée mucilage, reste fermement attachée à l’intérieur de la cerise. Il contient plus de 30% de pectine brute ( S. Avallone et al, 2000) . Le mucilage reste sur les haricots après le retrait de la peau lors du dépulpage. (Voir Leçon 2.03.) Le mucilage est composé de tissus translucides riches en sucres et en pectines mais, fait intéressant, il est exempt de caféine et de tanins (Wintgens, 2004). La couche externe du mésocarpe , généralement appelée pulpe, reste attachée à l' exocarpe (peau) et est généralement compostée ou, occasionnellement, transformée en cascara. Il peut également apporter des revenus aux agriculteurs en tant qu'ingrédient de l'ensilage , utilisé pour nourrir le bétail.
La pulpe de café et le mucilage constituent une source relativement inexploitée de pectine qui a une valeur commerciale en tant qu'agent gélifiant. Le mot « pectine » vient du grec pectos, ce qui signifie « gélifié ». Les acides uroniques sont extraits des citrons pour produire des pectines commerciales.