Les micro-organismes associés au traitement par voie sèche sont beaucoup plus variables et complexes que ceux rencontrés dans le traitement par voie humide (Silva et al., 2008). Les processus par lesquels le mucilage est dégradé lors du traitement naturel sont beaucoup plus complexes – et moins bien compris par la science – que le simple processus d'acidification qui se produit lors du traitement par voie humide (voir Leçon 3.02). Lors du traitement à sec, la flore participe beaucoup plus activement à l'élimination du mucilage.
Au début du processus naturel, les bactéries Gram-positives et Gram-négatives sont dominantes. Plus tard dans le processus, une fois que les cerises ont commencé à sécher, activité d'eau (Aw) ça tombe. (Pour tout savoir activité d'eau au café, lisez notre article ici.) Une fois le niveau descendu en dessous de 0,8 Aw, les bactéries ne peuvent plus se reproduire. La population initiale de bactéries est alors supplantée par des levures et des champignons (RF Schwan et GH Fleet [éd.], 2014).
Remarque : L'activité de l'eau est une mesure relativement nouvelle dans le café de spécialité, bien qu'elle soit bien établie dans d'autres secteurs de l'industrie alimentaire. Plutôt que de mesurer la quantité totale d’humidité dans un échantillon, il mesure à quel point l’eau est étroitement liée à l’échantillon. Dans un échantillon avec une activité d'eau élevée, l'eau est moins étroitement liée et peut donc avoir lieu plus facilement dans des réactions chimiques ou d'autres processus. Dans d’autres industries, il a été démontré que c’est l’activité de l’eau plutôt que la teneur en humidité qui affecte, par exemple, la rapidité avec laquelle les aliments moisissent ou rassis.
Un autre facteur qui favorise la croissance des levures et des champignons est le travail effectué par les bactéries pectinolytiques . Ces espèces décomposent les pectines en sucres simples par fermentation . Cela fournit la nourriture dont la population de levures a besoin pour prendre le dessus ( P. Poltronieri et F. Rossi, 2016 ).
Ce n'est qu'en 2008 que les micro-organismes issus de la transformation naturelle ont été isolés pour la première fois du café arabica (CF Silva et coll., 2008). Les chercheurs ont récolté à la main 108 kilogrammes de fruits mûrs,