Le café de spécialité est généralement stocké sous forme de parchemin jusqu'à ce qu'un acheteur soit trouvé et que les contrats soient signés. Pendant ce temps, il est nécessaire de le stocker en toute sécurité dans un environnement où il ne se dessèchera pas et n’absorbera pas d’humidité supplémentaire. Selmar et coll., (2008) suggèrent que le café en parche doit être stocké dans un environnement avec un humidité relative de 63% et une température de 22° C (72° F), quel que soit le type de processus auquel les grains ont été soumis. Si le café est conservé trop longtemps, les embryons des grains de café mourront, généralement après 6 mois (Schwan et coll., 2012). Après la mort de l'embryon, des enzymes telles que polyphénol oxydase (OPP) et laccase peut rester viable si les haricots ont une humidité supérieure à 20% ; ces conditions de stockage inappropriées permettraient aux fèves de se réhydrater. L'action des PPO et de la laccase provoquerait alors une oxydation des composés phénoliques ce qui diminuerait la qualité (Selmar et coll., 2008).