Lorsque des contrats sont signés pour la vente d’un lot particulier de café en cours de préparation pour l’expédition, cela déclenche la dernière étape de la transformation. Le parchemin sera extrait d'une installation de stockage temporaire telle qu'une bodega et transféré vers le moulin à sec. Le processus de mouture est la partie la plus facilement automatisée du traitement du café, et même les moulins de base disposent souvent de vis sans fin et de bandes transporteuses pour déplacer le parche et les grains de café à travers les différentes étapes. Avant que les cerises soient prêtes à quitter le moulin, cinq opérations auront lieu :
- Dénoyautage
- Décorticage
- Repassage
- Classement des tailles
- Séparation de densité
Les meilleurs systèmes de décorticage pour le café de spécialité sont connus sous le nom de « décortiqueurs à batteurs croisés ». Contrairement à de nombreux modèles plus anciens qui créaient beaucoup de friction entre les grains, les décortiqueurs à batteurs croisés ne génèrent pas de chaleur excessive tout au long du processus. Ils ne polissent pas non plus les haricots. Le polissage fait référence à l’élimination de la peau d’argent de la surface des haricots verts. Cela peut être souhaitable pour la torréfaction de produits à grande échelle, où la fraîcheur n'est pas une préoccupation majeure, mais pour les cafés de spécialité, la peau d'argent est conservée sur les grains pour ajouter une protection avant le processus de torréfaction. Avec des lots non polis, la peau d'argent finira par se libérer des grains pendant la torréfaction et sera aspirée hors du tambour de torréfaction et capturée dans le cyclone d'une machine à torréfier.