قد تتسبب القهوة غير المعالجة بالشكل الصحيح في أخطار صحية ناتجة عن تكوّن أحد السموم الفطرية، وهو الأوكراتوكسين A (OTA). والأوكراتوكسين هو أحد نواتج الأيض الثانوية لنوعين من أنواع العفن السميّ، وهما: فطر الرشاشيّة والبنسيليوم. فقد ثبت أنها ضارة جدًا بالكبد وقد تكون مسرطنة (إيرنيست بيتزنجر وكاثرين زيغلر، 2000). وهي مؤذية بوجه خاص باعتبارها ملوثًا لا يتأثر بدرجات الحرارة العالية التي تتعرض لها القهوة خلال عملية التحميص (راترز وماتيسيك، 2008); وقد فرض الاتحاد الأوروبي قيودًا مشددة على نسب الأوكراتوكسين المسموحة في حبوب القهوة المحمصة، وهي: 5-10 أجزاء للمليار الواحد، أو 10-20 نانوجرام لكل جرام (بالميرو بولترونيري وفرانكا روسي، 2016), إلا أنه لم تُفرض مثل هذه القيود على القهوة الخضراء. وهذا يعني أنه في أوروبا، تتحمل محامص القهوة مسؤولية التأكد من سلامة المنتج الذي يصل إلى المستهلكين - بالإضافة إلى المسؤوليات القانونية المترتبة على بيع المنتجات الملوثة.
قد يتعرض الكرز الناضج أو غير الناضج للتلوث بالأوكراتوكسين. كما أنه قد ينمو على الحبوب أثناء وبعد معالجتها، ولكن عملية التجفيف هي التي تحتمل أعلى قدر من المخاطر (بالميرو بولترونيري وفرانكا روسي، 2016). ). ترتفع نسب الأوكراتوكسين في المناخ الاستوائي الرطب، ويشكل كرز القهوة الناضج المحصود حديثًا بيئة نمو مثالية للفطريات المنتجة للأوكراتوكسين A، خاصةً خلال الأيام الثلاثة إلى الخمسة الأولى من تجفيفه (شيلينغر وآخرون، 2010). ويُلاحظ أن القهوة الرطبة المعالجة تكون أقل عرضة للإصابة بالفطريات المنتجة للأوكراتوكسين، ربما بسبب إزالة لب الثمرة، حيث إن اللب يوفر بيئة مثالية لنمو الفطريات المنتجة للأوكراتوكسين (ميريتكسل هتش وسي. إم. إيه. بي. فرانز، 2014).