El café de especialidad generalmente se almacena como pergamino hasta que se encuentra un comprador y se firman los contratos. Durante ese tiempo, es necesario almacenarlo de manera segura en un ambiente donde no se seque ni absorba humedad adicional. Selmar y col., (2008) sugieren que el pergamino de café debe almacenarse en un ambiente con humedad relativa de 63% y una temperatura de 22 ° C (72 ° F), independientemente del tipo de proceso por el que se hayan sometido los granos. Si el café se almacena durante demasiado tiempo, los embriones de granos de café morirán, generalmente después de 6 meses (Schwan y col., 2012). Después de la muerte del embrión, enzimas como polifenol oxidasa (PPO) y lacasa puede permanecer viable si los granos tienen una humedad superior a 20%; estas condiciones de almacenamiento inapropiadas permitirían que los frijoles se rehidraten. La acción de los PPO y la lacasa provocaría la oxidación de los compuestos fenólicos, lo que disminuiría la calidad (Selmar y col., 2008).